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1、核心期刊和方阵期刊与国家级期刊都是期刊之精华，是名刊，其所载论文总的来说都具有国内最高或较高水平，但各有侧重:
核心期刊是纯专业的学术期刊，是高水平学术成果的主要载体和传播汇道。学术性是其灵魂。
方阵期刊有学术性期刊，也有体闲类、家庭生活类、科普类期刊等，除学术性外，还要考虑效益性(社会效益、经济效益)。
至于国家级期刊，除学术权威刊物外，由于主管机构的行政属性决定了一部分的国家级刊物具有一定的政治性。
2、任何事物都不是绝对的，精华刊物也有其不足之处。
就核心期刊来说:①核心区与非核心区之间的界线往往难以划分，处于临界点的核心刊与非核心刊的质量往往不分上下，加上核心期刊的截取量一直是学术界的一大难题，而这个量的多少往往决定着核心表对某种或几种期刊的取舍，取多一点，非核心刊成了核心刊，取少一点核心刊变成非核心刊，如同竞技体育般的残酷。②由于各学科的情况差异较大，截取核心期刊的比例不尽相同，也不可能或不应该相同，因而各学科所截取的核心期刊所处的水平也是不同的。③评价指标、筛选方法、统计工具等存在着这样或那样的缺陷，直接导致期刊评价结果不完全准确，甚至可能出现某些重要期刊被遗漏的现象。④同一种核心期刊的论文质量存在明显差异。一种优质期刊在一定程度上是通过特色栏目来体现的，所以不同栏目在同一种期刊所处的地位也是不同的。⑤核心期刊目录的严重滞后，将大大影响核心期刊的权威性。如果继续按目前4年一次的修订周期，势必会造成以期刊过去的绩效来为现在的论文评价打分的欠科学、欠规范的现象，势必造成考核结果失真。
当然，随着期刊评价机制的不断完善，我们完全有理由相信核心期刊的筛选会渐趋科学、渐趋合理的。
就方阵期刊来说，由于采取的是动态管理机制，按照“择优组建”的原则，进行优胜劣汰，挥下程度保证了“方阵”的活力，但需注意的是这样的评价机制会不可避免地渗入一些人为因素，有失公正。
前文已经提过，国家级期刊(如果承认前面的界定成立的话)并非都是国内最高一级水平的期刊。实际情况也是如此，首先，国家级期刊并不全都是核心期刊，其次，有些看来很重要的国家级期刊在核心表中的排名也大大落后于省级核心刊，再次，国家级期刊中也有很多未能进入“方阵”，而不少省级刊物(含综合性大学学报)却进入“方阵”，有的甚至跻身最高级别的“双高”，如《敦煌研》,《西藏研究》等。既然有许多期刊既不是核心刊也未能进入“方阵”，那么我们就不能笼统地认为发表在国家级期刊上的论文比发表在省级核心刊上的论文水平高。
3、期刊等级的划分是一项非常复杂的工程，任何单个的评价指标是难以达到全面、客观、公证、科学的评价目的的，任何过分夸大，过度使用核心期刊、方阵期刊、国家级期刊的做法都是错误的;目前，日益膨胀的名刊效效，日显浮躁，已经严重地干扰了名刊固有的积极作用的正常发挥，所以，对名刊进行理性思考，合理定位显得非常必要。
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